近亲结婚最主要的遗传效应是增加某些遗传性疾病的发生风险。这些疾病通常是由两个近亲之间的遗传基因差异引起的。在近亲结婚的情况下，由于近亲之间的基因较为相似，一些隐性疾病更容易在家族中传递。例如，如果一个家庭中有两个人都是携带同一种隐性疾病的近亲，那么他们的后代就有可能携带这种疾病。
除了增加某些遗传性疾病的发生风险，近亲结婚还可能导致其他一些遗传问题的增加。例如，近亲结婚可能会导致一些面部和身体畸形，以及智力障碍等问题。这些问题通常是由近亲之间的某些基因差异引起的，但也可能会在近亲结婚的后代中表现出来。
因此，尽管近亲结婚在某些情况下可能带来一些好处，例如增加生育率，但它也存在着潜在的风险。在考虑近亲结婚时，我们应该认真权衡风险和收益，并确保自己的选择是基于充分的科学证据的。